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“多谢主人。”更多的百合花开始绽放圣洁的光辉。在百合花的映衬下，如同百合之神降临一般，神圣威压纯洁诱人。从来到这个世界，两个月的时光悄然而逝，元妙已经掌控四种元素了，其它的元素，能自己感悟的自己感悟，附近有元素炼金术士的就将他们推到娘化，变成圣母体质，赐予她们高高在上的罩杯。此后做到举头望苍天，低头喝圣乳，做到自产自销，不在需要其她生神女。战力提升了好大一截。
但是那个画面有点鬼畜了，让很多人都无法接受，但是在外界的压力下，最终接受，从此节操是路人。也就是在这第三个月内，某女多了十几种元素掌控。第四个月初期，炼金术士被袭击娘化事件暂时告一段落，因为某女的速度太快，行踪诡秘。卡恰·伊卡捷琳娜·库莱，俄国末代女皇遗孤，王女，操纵铜的炼金士，有断罪天使(人偶)安娜塔西亚，被称为赤铜的人偶师，与此时姗姗来迟。总的来说，是一个好萝莉。直白的说，就是萝莉身材，女王心。
当天晚上，卡恰就被元妙夜袭，改造成圣母躯体，品尝之后，复制感悟，留下印记，飘然离去，简直是采花贼的良心典范，只不过采的是百合花。跟随百合教皇来此的桂木华等人，开始对卡恰进行传教，却没想对方本就是百合，直接以此机会，和她们建立了超友谊的关系。第四个月底，元妙已经品尝过校园内所有种类的圣乳，将所有人都改造为完美的圣母。推行百合神教，让整个学院三分之一的人加入百合神教，步入百合的殿堂，五分之三的人站在的百合的大门口，随时推一下就能进来，或者随着时光的推移，百合氛围的浓郁，她们早晚进来。剩下的人活在百合氛围之中，即使不接受，也不会反对歧视。但在其她美少女的窥视下，最终还是要迈向百合的殿堂，因为一个人将面临两个人拉，三个人推的传教引导。她们终会明白环境的影响有多么大，同伴的带动力有多么强。
第五个月中旬，秘仪12使徒之一，操纵钠的炼金士，绰号【断罪不死鸟】、【人间花火师】的超强炼金术士鳯榊一郎来到这个学院，作为教师。带着自己的宝贝徒弟利兹，操纵钛的炼金士，拥有高超的剑术，作为转校生。如同黑夜中的萤火虫一般，被某女顶上了，当天晚上，两人就被打晕，改造成圣母后，被复制钛元素，钠元素的感悟。娘化后的鳯榊一娘被百合教徒带走传教，利兹被元妙打下烙印后，交给了卡恰，相信两个小孩子会玩的很开心。
她们终于明白了外界穿的沸沸扬扬的娘化，自产自足之谜源于何处。但是晚了。知道彼此差距后，两女决定安心在此生活，不要去作死了。第五个月底，翠玪学园的交换生，三个百合，天乃翼，濑田深雪，皋月绫女，三角恋剧情携带者，来到了圣米海洛普学院，寻找雷之携香女，监视沙夏和卡恰。
当天晚上，三人就被推到，改造，留下印记，由之后的百合教徒接受，步入百合的殿堂，从此三人打破了思想束缚，幸福快乐的生活在一起，将任务扔到脑后。发现没有任何进展的炼金组织秘仪使徒派出重兵，使徒之十一“漆黑钻石”吉达·F，能操纵碳(C)的炼金士，惯用技“钻石风暴”。汪震使徒之二“伟大的零”，操纵硅(Si)的炼金士。
朽叶葵使徒之三“双面人”，操纵氧(O)的炼金士。牛奶使徒之四“传声炸弹”，操纵氢(H)的炼金士。真田堂贯，使徒之五“千人斩”。五个高手潜入圣米海洛普学院，寻找雷之携香女，以及之前同伴失败的理由。
进入后半个小时，五人被引到了偏僻无人处，一个少女盎然而立，凭气势将五人压得喘不气来。一分钟后，少女游戏般的将五人打倒，圣母改造之后，复制感悟，交给凰神姨娘处置，飘然离去，回到宿舍，陪着真冬睡觉。
半个月后，一直等不到消息的黄金圣主裹挟多个炼金术士前来，水濑文奈，操纵镁的炼金士；有净化者克罗亚，操纵氯的炼金士；操纵汞的炼金士水银魔女夏娃·希尔瓦；操纵铅的炼金士一击必杀的野狼；盖欧鲁克．多拿，使徒之八“γ－ω”，操纵钴的炼金士；双头之纹章使腓特烈；乔舒亚·菲利金诺斯，操纵錀(Rg)的炼金士；高野山金刚众，咒术师一席，操纵钕（Nd）的炼金士藤臣弼及其生神女仙道六实。
对任何势力来说，这是非常强大的一股力量，甚至能威胁一个大型组织的存亡。但是，对于已经恢复到神性级别的圣痕元妙没什么用处，在距离学校还有一百多公里的地方，等到了来此的黄金圣主及其手下。之所以知道，是因为有些人弃暗投明，拨乱反正，主动告知。一言不发，大打出手，两分钟后，来此的说有人全部沉落了。黄金圣主被造出一具女性躯体，改造成圣母后，顺便给其他所有人都进行了圣母改造，从此，她们也能自我供应了。
交给来此的百合教众调教之后，将其收为手下。建立炼金组织元素王庭，将秘仪使徒组织，附近的所有组织全部收复，打乱，重组，让其出去邀请所有炼金术士加入，即使不加入，挂个明也可以。如果连挂名都可不干，不用多说，刚好她们实力大涨，好好适应一下也不错，打晕带回去就行。
第十个月底，将神罚执行部收编。某女将现有元素周期表上所有元素炼金掌控，并开始练习赋予生神女也就是圣母元素炼金能力。第十一个月下旬，元素赋予作出重大突破，第一个人造炼金术士诞生。第十二个月，圣痕元妙赋予了学院内所有生神女元素炼金能力，虽然只是第一个阶段，也让那些有见识的人，如见神迹，将元妙尊为元素之神。
第十三个月，将五个原始回路，原始元素回路，与利刃之玛利亚，黄昏之先导者，沉默之预言者，再生之享受者理解消化，并且改良，能够赐予她人，让所有元素成员更加忠心。第十四个月，元素王庭将所有炼金术士全部收拢，整个世界的超凡力量都在元素王庭的统治之下。构建出第一个智能机器人组，其后的日子开始了机器人的复制。
第十五个月，圣痕元妙在元素周期表一百一十二种外，在神性的引导下，凝聚出了第113中元素。第二十个月，凝聚出了世界内所有元素，共三百六十五个。第二十四月底，圣痕元妙将365中元素全部晋升至第六阶段，并将其凝聚为一个元素王冠，上面365个小星辰永久的闪耀着神秘的光辉。也与此时，凝聚除了第366中元素，被命名为灵，灵魂的灵，灵子的灵，精神，灵魂的最基本组成。化作一颗明珠，悬于王冠中心上方三寸之处，熠熠生辉。
第三年年初，在元妙的命令下，开始探索圣像遗迹，这是最接近世界之源的地方。三天后，一大群人来到了圣像遗迹，打开之后，进入如同悬浮在宇宙虚空中的遗迹之内。在圣母圣子壁画遮挡的门口，发现了通往世界之源通道。“你们在这里等着，一切都会好起来。”
“是。”所有人领命退下。对织部真冬说道：“你早就知道我不是灯，却以真心待我，实在难得，现在就把她还给你。”“不是的，我感觉到你的善意和对我的喜欢，而且灯在那里我能感觉到，灯也喜欢你。”真冬温柔的回答。
山边灯头上一个元素王冠出现，携带着妙资的神念，步入世界之源，融合世界本源成就星灵。在元素王冠之内，开始灵魂之界，复制艾恩葛郎特游戏AI作出详细安排，当然，娘化，神交繁衍是必须的，这是百合神教的基础。将炼金术归于科学之中，让所有人都能选择是否平凡。时间差比，也必然存在，这是迅速培养人才的基础。
一天过后，在众人的等待中，一个赤金色的神圣身影出现，山边灯开始的冲了上来，抱住圣痕元妙撒娇。“乖孩子，待会见。”实力恢复的她玉手轻挥，白色的光芒笼罩整个地球，所有人的灵魂被拉入元素魂界。
对惊慌失措的手下说道：“这是魂界，等满足条件后，就能回到物质世界，具体的问你们的AI，就是你们肩膀上的那个小精灵。”
发布系统消息，让所有人了解情况后，督促她们进步。引导她们百合，生孩子。有一个百合世界，女儿国度出现，是所有百合生灵的天堂。这个世界所有女性都被变成了G以上的罩杯。是某些宅系生物的天堂。发动世界本源，化为三百六十五个元素触手，不断吸纳消化陨石，卫星，行星。第三年底，地球成为唯一星辰，太阳被笼罩住。
使用前几个世界的二元体系，管理社会，推动文明。第四年的第二个月份，第一个生灵达到条件，从元素王冠出现到现实世界。面前是焕然一新，陌生非常的世界，高近千米的大楼，凌空飞度的汽车，繁茂的森林，如花似锦的公园等等，这一切如同天堂降临人间。
在私人AI的指导下，迅速的适应了现在的生活后，开始了自己的研究。之后的一年里，人们不断从里面出现，到年底，已经有了十亿人。都是高知识，高素质之人，是文明前进的最真实的动力。第六年底，这里的一切全部消化完毕，将所有感悟通过小世界送到了本体妙资那里，这道神念分身只能留在这里，等待某一天，能够自由的离去。
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